برخی از اهداف اختصاصی این برنامه عبارت‏ اند از:

1- شناسایی ظرفیت‌های دانشگاه برای راه‌اندازی برنامه‌های ثبت بیماری‌ها

2- تحلیل و انتقال داده‌های حاصل از برنامه‌های ثبت به مسؤلین و سیاست گذاران حوزه بهداشت و درمان

3- پیگیری وضعیت سلامت بیماران و مشاوره و آموزش به آنها

4- توسعه ارتباطات داخل دانشگاهی و نیز همکاری با سایر دانشگاه‌ها در ثبت بیماری‏ها و پیامدهای سلامت

5- تعیین میزان بروز و شیوع بیماری ها و سایر پیامدهای سلامت

6- نظارت و ارزیابی بر برنامه‌های ثبت بیماری و پیامدهای سلامت در حال اجرا

7- افزایش مهارت‏ها و دانش فنی پژوهشگران جهت اجرای طرح‏های مبتنی بر ثبت بیماری‏ها

8- تقویت زیرساخت‌های اطلاعاتی دانشگاه برای حمایت از برنامه‌های ثبت بیماری‌ها

9- ایجاد بستری مناسب جهت توسعه کمی و کیفی پژوهش های علوم پزشکی